De 1973 à 1991, le Président de la République est aussi chef du gouvernement : la fonction de Premier ministre n'existe pas. La Constitution du 10 juin 1991, qui rétablit le multipartisme, la recrée. Le Président abandonne alors le ministère de la Défense nationale, qu'il détenait depuis 1965, et nomme le 13 octobre 1991 Sylvestre Nsanzimana Premier ministre. Viennent ensuite deux gouvernements de coalition entre le MRND et les partis d'opposition, issus du protocole d'entente du 7 avril 1992.
Gouvernement du 9 avril 1987
- Président de la République et ministre de la Défense nationale : Général-major Juvénal HABYARIMANA (hutu, Gisenyi)
- Ministre à la Présidence de la République : Siméon NTEZIRYAYO (hutu, Cyangugu)
- Ministre des Relations institutionnelles : Édouard KAREMERA (hutu, Kibuye)
- Ministre de l'Intérieur et du Développement communal : Thomas HABANABAKIZE (hutu, Gitarama)
- Ministre de la Justice : Jean-Marie Vianney MUGEMANA (hutu, Byumba)
- Ministre de la Fonction publique et de la Formation professionnelle : François HABIYAKARE (hutu, Kibungo)
- Ministre de la Santé publique et des Affaires sociales : Dr Casimir BIZIMUNGU (hutu, Ruhengeri)
- Ministre des Finances et de l'Économie : Vincent RUHAMANYA (hutu, Gikongoro)
- Ministre des Affaires étrangères et de la Coopération : François GARUKIYINTWALI (hutu, Ruhengeri)
- Ministre du Plan : Ambroise MULINDANGABO (tutsi, Gikongoro)
- Ministre de l'Enseignement primaire et secondaire : Colonel Aloys NSEKALIJE (hutu, Gisenyi)
- Ministre de la Jeunesse et des Coopératives : Lieutenant-colonel Augustin NDINDILIYIMANA (hutu, Butare)
- Ministre de l'Agriculture, de l'Élevage et des Forêts : Anastase NTEZILYAYO (hutu, Butare)
- Ministre des Transports et des Communications : André NTAGERURA (hutu, Cyangugu)
- Ministre des Travaux publics, de l'Énergie et de l'Eau : Joseph NZIRORERA (hutu, Ruhengeri)
- Ministre de l'Industrie et de l'Artisanat : Juvénal UWILINGIYIMANA (hutu, Gisenyi)
- Ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche scientifique : Charles NYANDWI (hutu, Kigali)
Gouvernement du 15 janvier 1989
- Président de la République et ministre de la Défense nationale : Général-major Juvénal HABYARIMANA (hutu, Gisenyi)
- Ministre à la Présidence de la République : Siméon NTEZIRYAYO (hutu, Cyangugu)
- Ministre de l'Intérieur et du Développement communal : Jean-Marie Vianney MUGEMANA (hutu, Byumba)
- Ministre des Affaires étrangères et de la Coopération internationale : Dr Casimir BIZIMUNGU (hutu, Ruhengeri)
- Ministre des Finances : Benoît NTIGULIRWA (hutu, Gitarama)
- Ministre des Travaux publics, de l'Énergie et de l'Eau : Joseph NZIRORERA (hutu, Ruhengeri)
- Ministre de l'Enseignement primaire et secondaire : Daniel MBANGURA (hutu, Gikongoro)
- Ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche scientifique : Charles NYANDWI (hutu, Kigali)
- Ministre du Plan : Callixte NZABONIMANA (hutu, Gitarama)
- Ministre de l'Industrie et de l'Artisanat : Colonel Aloys NSEKALIJE (hutu, Gisenyi)
- Ministre de l'Agriculture, de l'Élevage et des Forêts : Anastase NTEZILYAYO (hutu, Butare)
- Ministre de la Fonction publique et de la Formation professionnelle : François HABIYAKARE (hutu, Kibungo)
- Ministre de la Justice : Théoneste MUJYANAMA (hutu, Kibuye)
- Ministre de la Santé publique : Dr Placide NGENDAHAYO (hutu, Kigali)
- Ministre des Transports et des Communications : André NTAGERURA (hutu, Cyangugu)
- Ministre du Commerce et de la Consommation : Juvénal UWILINGIYIMANA (hutu, Gisenyi)
- Ministre de la Jeunesse et du Mouvement associatif : Lieutenant-colonel Augustin NDINDILIYIMANA (hutu, Butare)
- Ministre des Relations institutionnelles : Antoine NTASHAMAJE (tutsi, Gikongoro)
Gouvernement du 9 juillet 1990
- Président de la République et ministre de la Défense nationale : Général-major Juvénal HABYARIMANA (hutu, Gisenyi)
- Ministre à la Présidence de la République : Siméon NTEZIRYAYO (hutu, Cyangugu)
- Ministre des Relations institutionnelles : Antoine NTASHAMAJE (tutsi, Gikongoro)
- Ministre de l'Intérieur et du Développement communal : Jean-Marie Vianney MUGEMANA (hutu, Byumba)
- Ministre de la Justice : Théoneste MUJYANAMA (hutu, Kibuye)
- Ministre de la Fonction publique et de la Formation professionnelle : François HABIYAKARE (hutu, Kibungo)
- Ministre des Finances : Benoît NTIGULIRWA (hutu, Gitarama)
- Ministre de l'Industrie et de l'Artisanat : Joseph NZIRORERA (hutu, Ruhengeri)
- Ministre de l'Agriculture, de l'Élevage et des Forêts : James GASANA (hutu, Byumba)
- Ministre du Plan : Augustin NGIRABATWARE (hutu, Gisenyi)
- Ministre des Travaux publics, de l'Énergie et de l'Eau : André NTAGERURA (hutu, Cyangugu)
- Ministre des Transports et des Communications : Colonel Augustin NDINDILIYIMANA (hutu, Butare)
- Ministre de l'Enseignement primaire et secondaire : Daniel MBANGURA (hutu, Gikongoro)
- Ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche scientifique : Charles NYANDWI (hutu, Kigali)
- Ministre de la Jeunesse et du Mouvement associatif : Callixte NZABONIMANA (hutu, Gitarama)
- Ministre des Affaires étrangères et de la Coopération internationale : Dr Casimir BIZIMUNGU (hutu, Ruhengeri)
- Ministre de la Santé : Dr Placide NGENDAHAYO (hutu, Kigali)
- Ministre du Commerce et de la Consommation : François NZABAHIMANA (hutu, Butare)
Gouvernement du 4 février 1991
- Président de la République et ministre de la Défense nationale : Général-major Juvénal HABYARIMANA (hutu, Gisenyi)
- Ministre des Affaires étrangères et de la Coopération internationale : Dr Casimir BIZIMUNGU (hutu, Ruhengeri)
- Ministre de l'Intérieur et du Développement communal : Faustin MUNYAZESA (hutu, Kigali)
- Ministre du Plan : Augustin NGIRABATWARE (hutu, Gisenyi)
- Ministre des Finances : Benoît NTIGULIRWA (hutu, Gitarama)
- Ministre de la Justice : Sylvestre NSANZIMANA (hutu, Gikongoro)
- Ministre de la Fonction publique et de la Formation professionnelle : Charles NYANDWI (hutu, Kigali)
- Ministre à la Présidence de la République : Enoch RUHIGIRA (hutu, Kibuye)
- Ministre à la Présidence de la République chargé des questions relatives à la Défense et à la Sécurité nationale : Colonel Augustin NDINDILIYIMANA (sans parti, hutu, Butare)
- Ministre de la Jeunesse et du Mouvement associatif : Callixte NZABONIMANA (hutu, Gitarama)
- Ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche scientifique : Constantin CYUBAHIRO (tutsi, Kibungo)
- Ministre de l'Enseignement primaire et secondaire : Daniel MBANGURA (hutu, Gikongoro)
- Ministre de la Santé : François NSENGUMUREMYI (tutsi, Cyangugu)
- Ministre des Transports et des Communications : Alphonse HIGANIRO (hutu, Gisenyi)
- Ministre des Travaux publics, de l'Énergie et de l'Eau : André NTAGERURA (hutu, Cyangugu)
- Ministre de l'Industrie et de l'Artisanat : Joseph NZIRORERA (hutu, Ruhengeri)
- Ministre de l'Agriculture, de l'Élevage et des Forêts : James GASANA (hutu, Byumba)
- Ministre du Commerce et de la Consommation : François NZABAHIMANA (hutu, Butare)
Gouvernement du 31 décembre 1991
Premier gouvernement formé après le rétablissement du multipartisme : 15 ministres MRND, un ministre PDC et un militaire sans parti. Le Président y abandonne pour la première fois le ministère de la Défense nationale.
- Président de la République : Général-major Juvénal HABYARIMANA (MRND, hutu, Gisenyi)
- Premier ministre : Sylvestre NSANZIMANA (MRND, hutu, Gikongoro), nommé le 13 octobre 1991
- Ministre des Affaires étrangères : Dr Casimir BIZIMUNGU (MRND, hutu, Ruhengeri)
- Ministre de l'Agriculture, de l'Élevage et de l'Environnement : James GASANA (MRND, hutu, Byumba)
- Ministre du Commerce, de l'Industrie et de l'Artisanat : Gaspard RUHUMULIZA (PDC, hutu, Gitarama)
- Ministre de la Défense nationale : Colonel Augustin NDINDILIYIMANA (sans parti, hutu, Butare)
- Ministre de l'Enseignement primaire et secondaire : Daniel MBANGURA (MRND, hutu, Gikongoro)
- Ministre de l'Enseignement supérieur, de la Recherche scientifique et de la Culture : Constantin CYUBAHIRO (MRND, tutsi, Kibungo)
- Ministre des Finances : Enoch RUHIGIRA (MRND, hutu, Kibuye)
- Ministre de la Fonction publique : Alexandre MUTERAHEJURU (MRND, hutu, Ruhengeri)
- Ministre de l'Information : Fidèle NKUNDABAGENZI (MRND, Cyangugu ; appartenance ethnique incertaine selon la source)
- Ministre de l'Intérieur et du Développement communal : Faustin MUNYAZESA (MRND, hutu, Kigali)
- Ministre de la Jeunesse et des Associations coopératives : Callixte NZABONIMANA (MRND, hutu, Gitarama)
- Ministre de la Justice : Mathieu NGIRUMPATSE (MRND, hutu, Kigali)
- Ministre du Plan et de la Coopération internationale : Augustin NGIRABATWARE (MRND, hutu, Gisenyi)
- Ministre de la Santé : Dr Jean-Baptiste NDALIHORANYE (MRND, hutu, Gisenyi)
- Ministre des Transports et des Communications : André KATABARWA (MRND, tutsi, Byumba)
- Ministre du Travail et des Affaires sociales : Prosper MUGIRANEZA (MRND, hutu, Kibungo)
- Ministre des Travaux publics et de l'Énergie : André NTAGERURA (MRND, hutu, Cyangugu)
Gouvernement du 16 avril 1992
Premier gouvernement de coalition, issu du protocole d'entente du 7 avril 1992 entre le MRND et les partis d'opposition : 9 ministres MRND, 3 MDR, 3 PL, 3 PSD et un PDC.
- Président de la République : Général-major Juvénal HABYARIMANA (MRND, hutu, Gisenyi)
- Premier ministre : Dismas NSENGIYAREMYE (MDR, hutu, Gitarama)
- Ministre des Affaires étrangères et de la Coopération : Boniface NGULINZIRA (MDR, hutu, Ruhengeri)
- Ministre du Plan : Augustin NGIRABATWARE (MRND, hutu, Gisenyi)
- Ministre de l'Intérieur et du Développement communal : Faustin MUNYAZESA (MRND, hutu, Kigali)
- Ministre de la Défense : James GASANA (MRND, hutu, Byumba)
- Ministre des Finances : Marc RUGENERA (PSD, hutu, Gitarama)
- Ministre de la Fonction publique : Prosper MUGIRANEZA (MRND, hutu, Kibungo)
- Ministre de la Justice : Stanislas MBONAMPEKA (PL, hutu, Ruhengeri)
- Ministre des Travaux publics et de l'Énergie : Félicien GATABAZI (PSD, hutu, Butare)
- Ministre de l'Agriculture et de l'Élevage : Frédéric NZAMURAMBAHO (PSD, hutu, Gikongoro)
- Ministre de l'Information : Pascal NDENGEJEHO (MDR, hutu, Kigali)
- Ministre de l'Enseignement primaire et secondaire : Agathe UWILINGIYIMANA (MDR, hutu, Butare)
- Ministre de l'Enseignement supérieur, de la Recherche scientifique et de la Culture : Daniel MBANGURA (MRND, hutu, Gikongoro)
- Ministre du Travail et des Affaires sociales : Landoald NDASINGWA (PL, tutsi, Kigali)
- Ministre du Commerce, de l'Industrie et de l'Artisanat : Agnès NTAMABYALIRO (PL, hutu, originaire de Kibuye résidant à Gitarama)
- Ministre de la Santé : Dr Casimir BIZIMUNGU (MRND, hutu, Ruhen- geri)
- Ministre des Transports et des Communications : André NTAGERURA (MRND, hutu, Cyangugu)
- Ministre de la Jeunesse et du Mouvement associatif : Callixte NZABONIMANA (MRND, hutu, Gitarama)
- Ministre de la Famille et de la Promotion féminine : Pauline NYIRAMASUHUKO (MRND, hutu, Butare)
- Ministre du Tourisme et de l'Environnement : Gaspard RUHUMULIZA (PDC, hutu, Gitarama)
Gouvernement du 18 juillet 1993
Deuxième gouvernement de coalition, de même composition partisane, toujours en fonction le 6 avril 1994.
- Président de la République : Général-major Juvénal HABYARIMANA (MRND, hutu, Gisenyi)
- Première ministre : Agathe UWILINGIYIMANA (MDR, hutu, Butare), nommée le 16 juillet 1993
- Ministre des Affaires étrangères et de la Coopération : Anastase GASANA (MDR, hutu, Kigali rural)
- Ministre de l'Intérieur et du Développement communal : Faustin MUNYAZESA (MRND, hutu, Kigali)
- Ministre de la Justice : Agnès NTAMABYALIRO (PL, hutu, originaire de Kibuye résidant à Gitarama)
- Ministre de la Défense : James GASANA (MRND, hutu, Byumba), qui ne prend pas ses fonctions ; remplacé le 30 juillet 1993 par Augustin BIZIMANA (MRND, hutu, Byumba)
- Ministre de l'Agriculture et de l'Élevage : Frédéric NZAMURAMBAHO (PSD, hutu, Gikongoro)
- Ministre de l'Enseignement primaire et secondaire : Jean-Marie Vianney MBONIMPA (MDR, hutu, Kibuye)
- Ministre de l'Enseignement supérieur, de la Recherche scientifique et de la Culture : Daniel MBANGURA (MRND, hutu, Gikongoro)
- Ministre des Finances : Marc RUGENERA (PSD, hutu, Gitarama)
- Ministre de la Fonction publique : Prosper MUGIRANEZA (MRND, hutu, Kibungo)
- Ministre de l'Information : Faustin RUCOGOZA (MDR, hutu, Byumba)
- Ministre du Commerce, de l'Industrie et de l'Artisanat : Justin MUGENZI (PL, hutu, Kibungo)
- Ministre du Plan : Dr Augustin NGIRABATWARE (MRND, hutu, Gisenyi)
- Ministre de la Santé : Dr Casimir BIZIMUNGU (MRND, hutu, Ruhengeri)
- Ministre des Transports et des Communications : André NTAGERURA (MRND, hutu, Cyangugu)
- Ministre du Travail et des Affaires sociales : Landoald NDASINGWA (PL, tutsi, Kigali)
- Ministre des Travaux publics et de l'Énergie : Félicien GATABAZI (PSD, hutu, Butare)
- Ministre de l'Environnement et du Tourisme : Gaspard RUHUMULIZA (PDC, hutu, Gitarama)
- Ministre de la Famille et de la Promotion féminine : Pauline NYIRAMASUHUKO (MRND, hutu, Butare)
- Ministre de la Jeunesse et du Mouvement associatif : Callixte NZABONIMANA (MRND, hutu, Gitarama)